Frais de mission en freelance : quoi refacturer à ton client, et comment

Une mission chez un client à 300 kilomètres, deux jours sur site par semaine. Le TJM est correct, tu signes. Trois mois plus tard, en regardant tes comptes, tu réalises que les billets de train et les nuits d’hôtel ont englouti une part sérieuse de ce que tu as facturé. Personne n’avait parlé des frais : tu les as payés, sans les refacturer.

Les frais de mission sont l’un des angles morts les plus coûteux du freelancing. Ils ne se voient pas dans le TJM, ils se négocient rarement, et ils se facturent souvent mal. Ce guide fait le tour de la question : ce qui peut se refacturer, comment le prévoir au contrat, comment le facturer (TVA comprise) et comment éviter d’en faire l’avance.

Frais de mission ou frais généraux : la ligne de partage

Toutes tes dépenses professionnelles ne sont pas refacturables. La distinction utile est la suivante :

• Les frais généraux sont liés à ton activité en général, quel que soit le client : ordinateur, licences logicielles, connexion internet, coworking, assurance, comptable. Ils sont censés être couverts par ton TJM, c’est d’ailleurs pour ça qu’il est supérieur à un salaire journalier (voir comment calculer son TJM).
• Les frais de mission sont engagés spécifiquement pour un client, à sa demande ou du fait de sa situation : se rendre dans ses locaux éloignés, dormir sur place, acheter une licence que lui seul exige, suivre une formation qu’il impose.

La question à te poser devant une dépense : « l’aurais-je engagée sans ce client ? » Si la réponse est non, c’est un frais de mission, et il mérite au minimum d’être discuté.

Les frais qu’on refacture le plus souvent

Déplacements

C’est le poste principal. Il couvre les trajets vers un site client éloigné de ton lieu de travail habituel : train, avion, location de voiture, péage, stationnement, ou utilisation de ton propre véhicule. Dans ce dernier cas, la pratique courante est de convenir d’un tarif au kilomètre, souvent aligné sur le barème kilométrique fiscal.

Le trajet quotidien vers un client situé dans ta ville, en revanche, se refacture rarement : il est généralement considéré comme inclus dans le TJM.

Hébergement et repas

Dès que la mission impose de dormir sur place, l’hôtel et les repas deviennent des frais de mission. Ils se refacturent soit au réel sur justificatifs, souvent avec un plafond par nuit et par repas, soit sous forme de forfait journalier convenu à l’avance.

Matériel, licences et formations spécifiques

Si le client exige un outil que tu n’utilises pas ailleurs (une licence particulière, un équipement, un environnement de test payant), ou une certification pour intervenir sur son périmètre, la question de la prise en charge se pose. Le plus simple : le client fournit lui-même ce qu’il impose. Sinon, prévois la refacturation au contrat.

Trois façons de traiter les frais

Avant de signer, il faut choisir un modèle. Aucun n’est meilleur dans l’absolu, mais chacun a ses conséquences.

Modèle	Principe	Avantage	Risque
TJM « tout compris »	Les frais sont absorbés dans un TJM majoré	Simple, aucune refacturation	Sous-estimation si le rythme sur site change
Forfait de frais	Un montant fixe par jour sur site ou par déplacement	Prévisible pour les deux	Forfait dépassé par les prix réels
Frais au réel	Refacturation sur justificatifs, dans des plafonds convenus	Tu ne perds jamais d’argent	Gestion des justificatifs, frais à avancer

Le TJM tout compris est fréquent, notamment avec les ESN, qui refusent souvent toute refacturation de frais. Il n’est acceptable que si tu as réellement chiffré les frais avant d’accepter. Un exemple, avec des montants purement illustratifs : deux jours sur site par semaine, 150 € de train aller-retour et 120 € d’hôtel par nuit, cela représente environ 1 000 € de frais par mois. Avec un TJM de 600 € et huit jours sur site par mois, ces frais pèsent plus de 20 % du chiffre d’affaires réalisé sur site. Si tu ne majores pas ton TJM d’autant, c’est ta marge qui paie.

Les prévoir au contrat

Un frais qui n’est pas prévu par écrit est, en pratique, un frais que tu ne te feras pas rembourser. La clause de frais de ton contrat ou de ton bon de commande devrait préciser :

• Les frais pris en charge : déplacements, hébergement, repas, matériel, en listant ce qui est couvert.
• Le mode de remboursement : au réel, au forfait, ou inclus dans le TJM.
• Les plafonds : par nuit d’hôtel, par repas, classe de transport.
• L’accord préalable : la plupart des clients exigent de valider un déplacement avant qu’il ait lieu. Mieux vaut le savoir, et le faire par écrit (un email suffit).
• Les justificatifs à fournir et la périodicité de facturation : idéalement avec ta facture mensuelle, au même délai de paiement que tes honoraires.

Ces points s’ajoutent aux clauses classiques détaillées dans le contrat de prestation freelance. Et si le rythme de présence sur site change en cours de mission (« finalement, ce serait bien que tu viennes trois jours par semaine »), c’est le moment de rediscuter des frais, pas trois mois plus tard.

Les facturer correctement

Une ligne distincte sur la facture

Les frais refacturés apparaissent sur une ligne séparée de tes honoraires, avec un libellé clair : « Frais de déplacement – mission X – octobre 2026 ». Joins les justificatifs si le contrat le prévoit. Une facture lisible se valide plus vite, et se paie plus vite (voir les mentions obligatoires d’une facture).

Frais refacturés et débours : deux régimes de TVA

C’est le point qui piège le plus de freelances. Fiscalement, deux situations très différentes existent :

• Les frais refacturés sont des dépenses que tu as engagées en ton nom (billet de train à ton nom, hôtel facturé à ta société) pour réaliser ta prestation. Ils en sont l’accessoire : ils suivent donc le même régime de TVA que ta prestation. Si tu factures la TVA, tu l’appliques aussi sur les frais refacturés.
• Les débours sont des sommes que tu payes au nom et pour le compte de ton client, avec son mandat explicite, et que tu lui refactures à l’euro près, sans marge. Ils sont exclus de la base de TVA, mais à des conditions strictes (mandat, enregistrement comptable spécifique, justificatifs au nom du client).

Dans l’immense majorité des cas, les frais d’un freelance (train, hôtel, repas) sont des frais refacturés, pas des débours. Les présenter comme des débours pour éviter la TVA est une erreur fréquente, qui peut être redressée en cas de contrôle.

Côté montant, refacture ce que la dépense t’a réellement coûté : hors taxe si tu as pu récupérer la TVA dessus, toutes taxes comprises sinon. Puis applique la TVA de ta prestation sur cette base. Les règles de récupération de la TVA varient selon la nature de la dépense (transport de personnes, hébergement, repas, carburant…) : c’est typiquement le genre de point à valider une fois pour toutes avec ton expert-comptable.

Selon ton statut

• En franchise en base de TVA (cas fréquent en micro-entreprise), tu ne factures pas de TVA, ni sur tes honoraires ni sur tes frais. Comme tu ne récupères pas la TVA de tes dépenses, tu refactures leur montant TTC.
• En micro-entreprise, les frais refacturés sont en principe intégrés à ton chiffre d’affaires : ils supportent donc les cotisations sociales et comptent pour les seuils du régime. Un poste de frais important peut ainsi rendre la micro-entreprise moins intéressante (voir quel statut juridique choisir).
• En société (EURL, SASU), les frais refacturés sont un produit et les dépenses une charge : l’opération est neutre sur le résultat si tu refactures à l’identique.
• En portage salarial, c’est la société de portage qui facture le client et qui te rembourse tes frais, en général sur notes de frais, selon sa propre politique. Renseigne-toi sur ses règles avant de signer (voir le portage salarial).

Ne pas jouer la banque de ton client

Refacturer des frais, c’est d’abord les avancer. Sur une mission avec beaucoup de déplacements, l’avance peut représenter plusieurs centaines, voire milliers d’euros par mois, remboursés au mieux trente à quarante-cinq jours après la facture. Quelques réflexes limitent l’impact sur ta trésorerie :

• Demande au client de réserver lui-même les billets et l’hôtel via son agence de voyage ou ses outils internes. Beaucoup d’entreprises le proposent spontanément : tu n’avances rien, et la question de la TVA ne se pose plus.
• Facture les frais chaque mois, avec tes honoraires, jamais en fin de mission.
• Garde des justificatifs exploitables : une facture au nom de ta structure, pas un simple ticket de carte bancaire.
• Relance comme pour tes honoraires : un frais impayé est un impayé comme un autre (voir délais de paiement et relances client).

Et intègre ces avances dans ta lecture de trésorerie : un compte qui paraît bien garni peut contenir plusieurs semaines de frais avancés que tu n’as pas encore récupérés (voir gérer sa trésorerie).

Et le temps de trajet ?

Le temps de trajet n’est pas un frais : c’est du temps. Qu’il soit facturable ou non dépend entièrement de ton contrat. La pratique la plus courante : le trajet vers le site habituel n’est pas facturé, alors qu’un déplacement exceptionnel demandé par le client (une réunion dans une autre ville, une intervention urgente) peut l’être, en tout ou partie.

Là encore, ce qui n’est pas écrit ne se facture pas. Et si le trajet est facturable, il doit apparaître dans ton suivi de temps comme n’importe quelle autre activité, sans quoi il disparaît de ton CRA et donc de ta facture.

C’est sur cette partie amont que Kraafty intervient : suivi du temps par client et par projet, CRA mensuel validé par le client. Kraafty ne gère ni tes notes de frais ni ta facturation, mais un CRA validé qui atteste les jours passés sur site est un appui solide quand il s’agit de justifier les déplacements qui vont avec. 60 jours gratuits pour l’essayer.

Les erreurs à éviter

• Accepter une mission éloignée sans parler des frais, en se disant qu’on verra plus tard. Plus tard, le client a un budget figé.
• Accepter un TJM « tout compris » sans chiffrer les frais. C’est ta marge qui absorbe la différence.
• Présenter des frais comme des débours pour ne pas appliquer la TVA.
• Oublier de refacturer : les petits frais (parking, taxi, repas) cumulés sur un an représentent souvent une somme non négligeable.
• Refacturer sans accord préalable un déplacement que le client n’avait pas validé, au risque d’un refus et d’une relation tendue.

En conclusion

Les frais de mission ne sont pas un détail : sur une mission avec déplacements réguliers, ils peuvent peser une part importante de ton chiffre d’affaires. Distingue-les de tes frais généraux, choisis un modèle de prise en charge (TJM majoré, forfait ou réel) avant de signer, inscris-le au contrat, facture-les chaque mois sur une ligne distincte avec le bon régime de TVA, et évite autant que possible de les avancer.

Un dernier réflexe : quand une mission change de rythme ou de lieu, rouvre la question des frais tout de suite. C’est le moment où la discussion est la plus légitime, et la plus facile.

Pour aller plus loin

• Le contrat de prestation freelance : les clauses essentielles — où inscrire ta clause de frais
• TJM freelance : comment le calculer correctement — ce que ton TJM doit déjà couvrir
• Mentions obligatoires sur une facture freelance : la checklist 2026 — une facture conforme, frais compris
• Facturation freelance : le guide complet du devis au paiement — le cycle de facturation de bout en bout
• Délais de paiement et relances client en freelance — récupérer tes frais avancés à temps